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「ワンストップ特例の申請書は、5件とも書いて出しました。これでふるさと納税の手続きは終わりのはず」。そう思っていたのに、年が明けてから医療費がかさんでいたことに気づいて確定申告をすることになる、という場面があります。逆に、年内のうちから「今年は確定申告をしそうだ」と分かっていることもあります。どちらの場合も申請書をどう扱えばよいのかを整理しました。
ふるさと納税で確定申告をすると、ワンストップ特例は無効になります
まず前提から。東京国税局の案内では「ふるさと納税先の自治体数が5団体以内で、各ふるさと納税先の自治体にふるさと納税ワンストップ特例の申請を行われた方は、原則として確定申告は不要」とされています。ただし同じ案内に、こう書かれています。「確定申告を行う場合は、ふるさと納税ワンストップ特例の適用に関する申請が無効となるため、ワンストップ特例の申請をした分も含めて確定申告をする必要があります」。医療費控除でも、住宅ローン控除の1年目でも、副業の所得でも、理由が何であれ確定申告をした時点で、申請は出していなかったものとして扱われます。
ワンストップ特例そのものが使える条件や、無効になるケースの全体像はこちらの記事にまとめています。この記事では、申請書を出す前の判断と、出したあとの手続きに絞って書きます。
出典：東京国税局「『ふるさと納税ワンストップ特例』の申請書を提出された方」、長岡市「ふるさと納税ワンストップ特例について」（2026年10月時点の公表情報）
確定申告をすると決まっているなら、申請書は出さなくていい
ここが今回のいちばん言いたいところです。年内の時点で確定申告をすることがすでに決まっているなら、ワンストップ特例の申請書は出す必要がありません。出しても確定申告をした時点で無効になるので、自分が書く手間も、自治体が処理する手間も、そのまま二度手間になるだけだからです。寄付の控除は、確定申告書の寄附金控除の欄に寄付先と金額を書けば受けられます。出さなかったことで控除が減るわけではありません。
医療費控除をするかどうかは、「10万円」だけでは決まりません
確定申告をする理由として多いのが医療費控除です。ここでよく「医療費が10万円を超えたら」と言われますが、国税庁の説明はもう少し細かいつくりになっています。計算式は「（実際に支払った医療費の合計額－保険金などで補てんされる金額）－10万円」で、差し引く10万円のほうには注記があり、その年の総所得金額等が200万円未満の人は総所得金額等の5パーセントの金額になります。
| 見落としやすい点 | 正しい扱い |
|---|---|
| 窓口で払った総額で判断する | 高額療養費や入院給付金などで戻った分は先に差し引きます |
| 誰でも10万円が基準 | 総所得金額等が200万円未満なら、その5パーセントが基準になります |
| 差し引いた残りがそのまま戻る | 戻るのは税額であって、控除額そのものではありません |
すでに申請書を出したあとで、確定申告が必要になったら
年末の時点では予定がなく、申請書を全部出したあとで事情が変わることもあります。その場合は、確定申告書の寄附金控除の欄に、ワンストップ特例を申請した分も含めて寄付の全額を書きます。申請を取り下げる連絡を自治体に入れる必要はありません。東京国税局の案内も「ワンストップ特例の申請をした分も含めて確定申告をする必要があります」としています。裏を返すと、申告書に書かなければ控除はつきません。寄付先と金額が分かるもの（寄附金受領証明書や、寄付したサイトが出す証明書）は、申請書を出したあとも捨てずに取っておいてください。
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証明書を1枚にまとめられる場合があります
自治体ごとに届く寄附金受領証明書を全部そろえるのは手間がかかります。ふるさと納税サイトによっては、1年分の寄付を一覧にした「寄付金控除に関する証明書」を発行でき、これが自治体ごとの受領証明書の代わりになります。さとふるの案内では、オンラインで申告する人向けの電子発行（XML形式）と、郵送・持参で申告する人向けの書面発行が用意されています。
ただし、まとめられるのはそのサイトを通した寄付だけです。複数のサイトを使った年や、自治体へ直接申し込んだ分は、別に証明書をそろえる必要があります。さとふるの場合は会員が対象で、会員登録の氏名と寄付申込み時の氏名が違う寄付は証明書に載らない、という注意書きもあります。
発行の条件や受付の時期は変更されることがあります。申し込む前に公式サイトで最新の案内をご確認ください。
確定申告書を出したあとで気づいたときは、更正の請求
いちばん手間がかかるのがこのパターンです。寄附金控除を書かずに確定申告書を出してしまった場合、東京国税局の案内では「当初の確定申告書の内容に寄付金控除を追加して税額計算を行う、更正の請求書の提出が必要です」とされています。出し直しではなく、別の手続きになります。
判断軸は「今年、確定申告をする理由がすでにあるか」
ワンストップ特例を出すかどうかは、制度の先行きを読む話ではありません。見るのは自分の今年の状況だけで、答えはすでに自分が持っています。
- 今年、医療費控除・住宅ローン控除の1年目・年末調整で処理できない所得のどれかに当てはまるか
- 当てはまるなら、確定申告をするのでワンストップ特例の申請書は出さない
- どれにも当てはまらず、寄付先が5団体以内なら、翌年1月10日必着で各自治体へ申請書を出す
- 迷ったら申請書を出しておく。あとで確定申告することになっても、申告書に全額を書き直せば済みます
出典：東京国税局「『ふるさと納税ワンストップ特例』の申請書を提出された方」、国税庁タックスアンサーNo.1155「ふるさと納税（寄附金控除）」・No.1120「医療費を支払ったとき」、長岡市「ふるさと納税ワンストップ特例（寄附金税額控除に係る申告特例）について」（いずれも2026年10月時点の公表情報に基づきます）
制度の内容や取り扱いは変わることがあります。実際の手続きは、国税庁のサイトやお住まいの市区町村、寄付先の自治体の案内でご確認ください。
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